Dicho decreto motivó el repudio de los organismos de Derechos Humanos y de amplios sectores de la sociedad civil. Asimismo, familiares de desaparecidos de la ESMA presentaron ante la justicia una acción de amparo reclamando la suspensión de los efectos del decreto 8/98. El 16 de octubre del mismo año el juez Federal Ernesto Marinelli dejó en firme la medida. Entre sus argumentos menciona la obligación del Estado argentino de resguardar el predio por ser patrimonio cultural y por tener aún valor probatorio en los desarrollos judiciales. Reafirmó que en virtud de sus obligaciones internacionales, el Estado es responsable de otorgar una respuesta sobre el destino de los desaparecidos a la sociedad y a los familiares de las víctimas. En febrero de 2001, la Corte Suprema de Justicia reafirmó la inconstitucionalidad del decreto de Menem.

En forma paralela, el Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires, encabezado entonces por Fernando De la Rua, inició una demanda contra el Poder Ejecutivo Nacional, reclamando el dominio del predio que ocupa la ESMA. La ciudad reclamaba la revocatoria de la cesión, en virtud de la cláusula que establecía las actividades educativas como único destino posible de las instalaciones. El Ministro de Defensa de entonces, Jorge Domínguez, rechazó las gestiones.

A partir de ese momento, se comenzó a pensar en los usos posibles para la ESMA. Varios proyectos fueron presentados por legisladores. Algunos de ellos tenían como objetivo salvaguardar el edificio para el futuro, declarándolo “monumento histórico”.

Ante la obligación inminente de devolver el lugar, los altos mandos castrenses optaron por mantener el propósito original para el cual habían recibido la propiedad. Ya en diciembre de 1999, el entonces ministro de Defensa Ricardo López Murphy adelantó la idea de instalar un “polo educativo militar” que incluyera las escuelas de guerra del Ejército y la Fuerza Aérea y la escuela naval. Durante el 2000 hizo explícita su oposición a convertir en museos o lugares de estudio y transmisión de lo ocurrido durante el terrorismo de Estado a los sitios donde funcionaron centros clandestinos de detención. Su sucesor, Horacio Jaunarena, aunque no se pronunció sobre el uso del edificio de la ESMA, reafirmó el aval a la cúpula militar en sus intentos de olvidar el pasado.

En junio de 2000, durante la gestión de Aníbal Ibarra como Jefe de Gobierno, la Legislatura de la Ciudad de Buenos Aires aprobó por unanimidad la ley 392/2000. En su artículo primero dispuso revocar la cesión efectuada al entonces Ministerio de Marina, con relación al predio de la Avenida del Libertador 8151-8461. En su artículo segundo dispuso destinar los edificios donde funcionó la Escuela de Mecánica de la Armada a la instalación del denominado Museo de la Memoria.

En diciembre de 2002, la Legislatura de la Ciudad de Buenos Aires aprobó la ley N°961 que crea el Instituto Espacio para la Memoria, destinado “al resguardo y la transmisión de la memoria e historia de los hechos ocurridos durante el terrorismo de Estado de los años ’70 e inicios de los ’80 hasta la recuperación del estado de derecho, así como los antecedentes, etapas posteriores y consecuencias”. En su artículo décimo, la ley dice que el instituto tendrá su sede definitiva en el predio de la Esma. La ley fue reglamentada por el decreto N°835 y los organismos de derechos humanos designaron sus representantes en el año 2003. Aún no han sido designados los representantes de la Legislatura y los del Poder Ejecutivo de la ciudad.

A partir de las gestiones del presidente Kirchner se acordó, en primer término, la restitución del predio el 31 de diciembre de 2004, y en segundo término, la creación de un “Espacio para la Memoria y la Promoción y defensa de los Derechos Humanos” en el lugar. Para este fin, Aníbal Ibarra y Néstor Kirchner firmaron un convenio por el que se comprometen a trabajar conjuntamente. El convenio debe ser aún refrendado por la Legislatura porteña.